1/ Bizzaro / l'épreuve 
Clark Kent doit affronter son ennemi le plus redoutable : Bizarro, dernier évadé survivant de la Zone fantôme. Celui-ci a pris son apparence physique et est doté de tous ses pouvoirs, mais ne possède aucune de ses faiblesses. Au cours du combat, le barrage cède et des torrents d'eau envahissent les terres. Lex, qui vient d'être arrêté pour le meurtre de Lana, dont le corps n'a jamais été retrouvé, se retrouve sous l'eau dans une voiture de patrouille. Il est sauvé par un mystérieuse inconnue. Pendant ce temps, Lois parvient à mettre Chloe à l'abri. Mais les jours de sa cousine sont peut-être comptés...
Affecté par les récents événements, Clark songe à s'absenter de Smallville, lorsque Lois lui montre un vaisseau spatial abandonné près du barrage. Plus tard, Clark se mesure à l'inconnue dotée de super pouvoirs, qui n'est autre que sa cousine kriptonienne, Kara. 3/ Princesse de glace
Clark est prévenu d'une imminente invasion de krypto-créatures. En dépit de ses mises en gardes répétées, l'insouciante Kara n'a qu'une seule chose en tête : s'inscrire au concours de Miss Pop Corn afin de s'intégrer au mieux parmi les Terriens. Or, il apparaît très rapidement que trois des concurrentes sont dotées de super pouvoirs. Kara et Clark comprennent qu'elles recherchent activement un trésor caché quelque part dans Smallville. Mais l'agent Carter de la NSA n'a pas interrompu son enquête sur Kara. Cette dernière pourrait bientôt être confrontée à maintes difficultés. De son côté, Lex a identifié Kara comme sa sauveuse, depuis qu'il est sorti de prison.
Chloé est infectée par la kryptonite. Elle consulte le docteur Knox afin de subir une intervention chirurgicale qui lui garantira un retour à une vie normale. Or, le médecin cache un terrible secret. Pendant ce temps, Kara recherche désespérément son cristal et se sert de Jimmy pour arriver à ses fins.
Le tournage du film «Warrior Angel», tiré d'une bande dessinée, se déroule à Smallville, pour la plus grande joie des habitants. Alors qu'elle conduit un véhicule, Rachel Davenport, l'actrice principale, découvre que les freins de l'automobile ont été saboté. Clark intervient in extremis et parvient à lui sauver la vie. Témoin de la scène, un fan de comics érige Clark en super héros et s'en prend à Lana, persuadé que celle-ci doit mourir pour que la destinée de son idole s'accomplisse. Pendant ce temps, Lex Luthor parvient à retrouver Lionel, retenu en otage dans une cabane au milieu de la forêts. 6/ Le cristal
Kara se rend à Washington pour récupérer son cristal, mais elle est capturée et enfermée dans un laboratoire secret du gouvernement. Là, l'agent Walker sonde ses souvenirs et remonte à sa première visite sur Terre en compagnie de Lara-El, la mère biologique de Clark. De son côté, Chloé s'intéresse à la fondation Isis, créée par Lana pour soutenir les victimes de la pluie de météorites.
7/ La ruse d'Isis
Au cours d'un orage, un éclair provoque un transfert de pouvoirs : Lana se retrouve investie des stupéfiantes capacités de Clark. Sans attendre, elle en profite pour prendre sa revanche contre Luthorcorp en facturant le coffre-fort de Lex afin de dérober des documents compromettants. Elle les apporte au Daily Planet, mais Grant refuse de publier un article en s'appuyant sur des preuves volées. Lana décide donc d'agir par elle-même et se lance à la recherche de Lex. Malgré les mises en garde de Lionel et de Lex, Clark ne veut pas se rendre à l'évidence.
8/ L'anneau de la victoire
Clark entend la voix de sa mère, prisonnière du cristal de Kara, qui l'appelle au secours et vient à sa rescousse. Il ignore qu'il s'agit d'un plan machiavélique mis en place par son oncle, Zor-El. Lara lui transmet une bague en cryptonite bleu et le bijou prive Clark de ses pouvoirs. Pendant ce temps, Chloé suggère à Lois de mettre un terme à sa relation avec son patron, Grant.
Au Daily Planet, Grant charge Lois de réaliser un portrait de Lex Luthor. Adrian, un homme qui prétend avoir fait l'objet des récentes expérimentations de Lex, fait chanter la journaliste : si elle ne parvient pas à obtenir des révélations sur la zone 33.1, Chloé risque de mourir. Croyant sa fin proche, cette dernière fait une terrible confession à Jimmy. De son côté, Clark est de retour à Smallville et déclare à Lana que Kara a disparu. Ensemble, les deux jeunes gens reprennent l'enquête sur le projet Sion. Parmi les informations collectées, un dossier fait état d'un homme contaminé par des substances extraterrestres.
Durant l'absence de Clark, prisonnier de la Forteresse, Bizarro prend sa place. Il aide Lana à résoudre une étrange affaire de meurtres en série liés à Brainiac et un certain Dax-Ur. Chez les Luthor, Lex est surpris de la réaction de son père après sa rencontre avec Grant, qui est en réalité le clone de son défunt fils, Julian.
En espionnant les projets de Luthorcorp pour le compte d'Oliver Green, Chloé intercepte un dossier lorsqu'elle est agressée par une femme au cri strident, Canari Noir, ralliée à la cause de Lex. En société, cette dernière se prénomme Dinah Lance, présentatrice d'une émission de télévision et journaliste au Daily Planet. Lois découvre le secret d'Oliver. De son côté, Lex convainc Canari Noir que l'Archer Vert et son équipe sont des terroristes, ce qui la pousse à attaquer l'Archer Vert et Clark.
A Détroit, Lex, suivi par Lois, a retrouvé Kara, devenue amnésique. Finley, un serveur obsédé par Kara, redoute que Lex ne l'éloigne de lui. Il tire alors sur son rival et retient sa bien-aimée et Lois en otages. Pour ramener Lex à la vie et retrouver son amie et sa cousine vivantes, Clark accepte de se livrer à une dangereuse expérience dans les laboratoires de la Luthercorp.
Après avoir sauvé la vie de Kara, Pete Ross, de retour à Smallville, rend visite à Chloé et Clark qui constatent chez lui un changement de comportement. En effet, le jeune homme est doté d'un pouvoir élastique. De son côté, Lex héberge Kara au manoir, espérant se servir d'elle aussitôt qu'elle aura retrouvé la mémoire.
Un soir, Clark est attaqué par un commando qui l'enferme dans une cellule de cryptonite verte conçue par Luthorcorp. Lionel, qui est à l'origine du kidnapping, rencontre Patricia Swann qui désire faire la connaissance du dernier fils du Krypton. Chloé et Lana emmène Kara à la Forteresse pour qu'elle retrouve la mémoire car elle est la seule en mesure de sauver Clark... 
Afin de pouvoir lutter efficacement contre Brainiac, Kara décide d'apprendre à Clark comment voler. Jimmy et Lois enquêtent sur la mort mystérieuse de Patricia Swann. De son côté, Lex met tout en oeuvre pour percer le secret du cercle Veritas. Pour obliger Kara à le suivre, Brainiac capture Lana et la plonge dans une léthargie kryptonienne16/ Les clefs du pouvoir
Lex s'empare du médaillon de Lionel, qui contient la deuxième clé permettant d'ouvrir le coffre situé à Zurich. A son désarroi, il constate que le précieux sésame ne se trouve pas à cet endroit. Il se rend alors au Daily Planet, où il espère découvrir la clé. Quant à Clark, il s'inquiète pour Lana, internée dans un asile...
17/ La colère des dieux
Clark reçoit un message de sa cousine, envoyé avant l'explosion de Krypton : il faut empêcher Brainiac de commettre l'irréparable. Pour localiser Brainiac et Kara, il demande à Chloe d'utiliser les satellites du gouvernement. Persuadé qu'il s'agit d'une terroriste, la Sécurité intérieure convainc Jimmy de travailler pour eux afin de la démasquer. Clark se rend à la Forteresse pour trouver un remède pour Lana.
18/ Le monde sans clark
Clark découvre que Kara a envoyé par le passé des messages de Krypton indiquant que Brainiac veut tuer Kal-El au berceau. Jor-El envoie alors Clark dans une dimension parallèle pour découvrir ce qu'aurait été la Terre sans lui.
Un soir, Lex est agressé au manoir par un inconnu qui grave sur son torse un message destiné à Clark. Chloe découvre que le dernier survivant du cercle Veritas vit au Québec...
Lana sort du coma. Chloe est arrêtée par la sécurité intérieure. Kara est piégée dans la zone fantôme par Brainac. Désormais seul, Clark se prépare à affronter Lex, qui a percé son secret.